Jasa angkutan laut mempunyai hubungan integral dengan jasa kepelabuhan dan merupakan kelaziman internasional bahwa atas penyerahan jasa kepelabuhan termasuk jasa bongkar muat peti kemas di Pelabuhan (sea side area) dibebaskan dari pengenaan Pajak Pertambahan Nilai. Hal ini telah dilaksanakan di beberapa negara yang membangun perdagangan internasional melalui angkutan laut.
Penyerahan jasa Kepelabuhanan tertentu oleh Badan Usaha Pelabuhan kepada perusahaan angkutan laut yang melakukan kegiatan Angkutan Laut Luar Negeri dibebaskan dari pengenaan Pajak Pertambahan Nilai. Pembebasan ini diberikan dengan ketentuan sebagai berikut:
- untuk Kapal yang dioperasikan oleh perusahaan angkutan laut nasional yang melakukan kegiatan Angkutan Laut Luar Negeri harus memenuhi syarat tidak mengangkut penumpang dan/atau barang dari satu Pelabuhan ke Pelabuhan lainnya di wilayah Indonesia;
- untuk Kapal yang dioperasikan oleh perusahaan angkutan laut asing yang melakukan kegiatan Angkutan Laut Luar Negeri harus memenuhi syarat:
- tidak mengangkut penumpang dan/atau barang dari satu Pelabuhan ke Pelabuhan lainnya di wilayah Indonesia; dan
- negara tempat kedudukan perusahaan angkutan laut asing tersebut memberikan perlakuan yang sama terhadap Kapal angkutan laut Indonesia berdasarkan asas timbal balik.
Jasa Kepelabuhanan tertentu yang penyerahannya dibebaskan dari pengenaan Pajak Pertambahan Nilai adalah jasa pelayanan Kapal dan jasa pelayanan barang yang diberikan oleh Badan Usaha Pelabuhan kepada perusahaan angkutan laut yang melakukan kegiatan Angkutan Laut Luar Negeri, berupa:
- jasa pelayanan Kapal, yaitu jasa labuh, jasa pandu, jasa tunda, dan jasa tambat;
- jasa pelayanan barang, yaitu jasa bongkar muat peti kemas sejak dari Kapal sampai ke lapangan penumpukan dan/atau sejak dari lapangan penumpukan sampai ke Kapal.
Yang dimaksud memenuhi syarat “tidak mengangkut penumpang dan/atau barang dari satu Pelabuhan ke Pelabuhan lainnya di wilayah Indonesia” adalah:
- kapal yang dioperasikan oleh perusahaan angkutan laut nasional yang mengangkut/memuat penumpang dan/atau barang dari Pelabuhan asal di wilayah Indonesia ke Pelabuhan tujuan di luar negeri, tidak menurunkan/membongkar penumpang dan/atau barang yang dimuat dari satu Pelabuhan di wilayah Indonesia ke Pelabuhan lainnya di wilayah Indonesia; atau
- kapal yang dioperasikan oleh perusahaan angkutan laut nasional yang memuat penumpang dan/atau barang dari Pelabuhan asal di luar negeri ke Pelabuhan tujuan di wilayah Indonesia tidak menurunkan/membongkar penumpang dan/atau barang yang dimuat dari satu Pelabuhan di wilayah Indonesia ke Pelabuhan lainnya di wilayah Indonesia.
- kapal yang dioperasikan oleh perusahaan angkutan laut asing yang memuat penumpang dan/atau barang dari Pelabuhan asal di wilayah Indonesia ke Pelabuhan tujuan di luar negeri tidak menurunkan/membongkar penumpang dan/atau barang yang dimuat dari satu Pelabuhan di wilayah Indonesia ke Pelabuhan lainnya di wilayah Indonesia; atau
- kapal yang dioperasikan oleh perusahaan angkutan laut asing yang memuat penumpang dan/atau barang dari Pelabuhan asal di luar negeri ke Pelabuhan tujuan di wilayah Indonesia tidak menurunkan/membongkar penumpang dan/atau barang yang dimuat dari satu Pelabuhan di wilayah Indonesia ke Pelabuhan lainnya di wilayah Indonesia.
Jasa pelayanan Kapal berupa:
- Jasa labuh adalah jasa yang diserahkan kepada semua Kapal yang berkunjung ke Pelabuhan umum, terminal untuk kepentingan sendiri, terminal khusus atau yang memasuki perairan Pelabuhan atau lokasi lain yang ditunjuk oleh pemerintah;
- Jasa pandu adalah jasa pemanduan Kapal sewaktu memasuki alur pelayaran menuju dermaga dengan tujuan membantu, memberikan saran dan informasi kepada nahkoda tentang keadaan perairan setempat yang penting agar navigasi pelayaran dapat dilaksanakan dengan selamat, tertib dan lancar demi keselamatan Kapal dan lingkungan;
- Jasa tunda adalah jasa penundaan Kapal yang dilakukan dengan cara mendorong, menarik atau menggandeng Kapal yang berolah gerak, untuk bertambat ke atau untuk melepas dari dermaga, jetty, trestle, pier, pelampung, dolphin kapal dan fasilitas tambat lainnya dengan menggunakan Kapal tunda;
- Jasa tambat adalah jasa yang diserahkan terhadap Kapal yang bertambat pada dermaga besi, beton dan kayu, breasting, dolphin, pelampung, tambatan pinggiran/talud dan Kapal yang bertambat/merapat pada lambung kapal lain yang sedang sandar/tambat di dermaga (susun sirih).
Kode Faktur Pajak yang diterbitkan adalah kode 08
Pajak Masukan yang dibayar atas perolehan Barang Kena Pajak dan/atau Jasa Kena Pajak oleh Badan Usaha Pelabuhan berkenaan dengan penyerahan jasa Kepelabuhanan tertentu yang dibebaskan dari pengenaan Pajak Pertambahan Nilai tidak dapat dikreditkan